Научный архив УНЦ РАН, осуществляет приём и хранение док. Уфимского научного центра, его учреждений, личных док. учёных, материалов экспедиций и др. Образован в 1959 при Президиуме БФАН СССР на базе архивов БФАН и ИИЯЛ в составе архивного фонда РАН. Содержит 113 фондов (в т.ч. 101 личный), в к-рых хранится св. 16 тыс. док., накопленных за 1878—2004. Основная часть док. составляют рукописи деятелей науки и иск-ва Башкортостана, в т.ч. Г.С.Альмухаметова, Ш.Бабича, Г.В.Вахрушева, Д.С.Волкова, Х.Л.Давлетшиной, М.К.Любавского, С.Г.Мрясова, Г.Сокроя, А.М.Тагирова, М.И.Уметбаева, А.Н.Усманова, Х.Ф.Усманова, Р.Ф.Фахретдинова, А.И.Харисова; шежере, неопубл. тома «Материалов по истории Башкортостана», копии док. о башкирских восстаниях 17—18 вв., выявленные А.П.Чулошниковым в Рос. гос. архиве древних актов и др. Наиболее ценность представляют материалы комплексных экспедиций по изучению фольклора, диалектов и этнографии башкир (см. Экспедиции этнографические) под рук. этнографов П.В.Бикбулатова, Р.Г.Кузеева, С.Н.Шитовой, языковедов Т.Г.Баишева, П.Х.Ишбулатова, Н.Х.Максютовой, С.Ф.Миржановой, фольклористов С.А.Галина, Ф.А.Надршиной, Р.А.Султангареевой, Н.Д.Шункарова, археографа Г.Б.Хусаинова и др., экспедиций археологических (рук. Н.А.Мажитов, А.Х.Пшеничнюк, М.Х.Садыкова, К.В.Сальников, А.П.Шокуров, Г.В.Юсупов), экспедиций антропологических (рук. Р.М.Юсупов) и др. Рук. архива: Т.А.Жукова (с 1959), А.Е.Фрей (с 1962), С.М.Шингареева (с 1963), М.С.Гиндуллина (с 1989). Обзоры фондов архива были опубликованы в сб. межрегион. конференций «Археография Южного Урала», ж. «Вестник Академии наук Республики Башкортостан», «Ядкяр» и др.
