Фонды поддержки науки, некоммерческие организации, формирующиеся за счёт гос. бюджетных ассигнований и привлечённых средств. Осуществляют отбор науч. проектов на конкурсной основе. В СССР в 1968—91 действовал Единый фонд поддержки науки и техники, в Башкортостане в 1993—2001 — Фонд науки и технол. развития РБ.
Российский фонд фундаментальных исследований (РФФИ), создан в 1992 в соотв. с указом Президента РФ. Между РФФИ и Правительством РБ с 2001 заключаются соглашения о проведении совместных (региональных) конкурсов проектов фундам. исследовании. По кол-ву проектов, отобранных в регион. конкурсах РФФИ, доля РБ среди 45 регионов-участников составляет 4,2%, по объёму финансирования — 2,5% (2008). В 2002—10 из поступивших на конкурс 476 проектов было отобрано 188, из федер. бюджета выделено 37,35 млн. рублей.
Российский гуманитарный научный фонд (РГНФ), создан в 1994 в соотв. с пост. Пр-ва РФ. Между РГНФ и Пр-вом РБ с 2004 заключаются соглашения о проведении совместного (регионального) конкурса «Урал: история, экономика, культура». По кол-ву проектов, отобранных в регион. конкурсе РГНФ, доля РБ составляет 4,1%, по объёму финансирования — 4,5% (2008). В 2005—10 из поступивших на конкурс 347 проектов был отобран 131, из федер. бюджета выделено 15,21 млн. рублей.
Регион. экспертный совет Республики Башкортостан направляет в РФФИ и РГНФ результаты науч. экспертизы заявок и отчётов выполняемых работ.
Фонд содействия развитию малых форм предприятий в научно-технической сфере, создан в 1994 в соотв. с пост. Пр-ва РФ. В Башкортостане с 2003 представительство фонда — Инновационное агентство РБ «Эдисон», с 2011 — «Баштехинформ». К 2009 фондом из респ. по программе «Старт» поддержано 18 проектов, «Антикризис» — 2, «УМНИК» — 6 проектов.
Фонд поддержки фундаментальных исследований АН РБ, создан в 1995. Осуществляет поддержку издат. проектов, проектов развития материально-техн. базы науч. исследований, организации и проведения конф., участия учёных в регион., рос. и междунар. мероприятиях.