Казанская секретная комиссия, следственное и судебное учреждение в России в период Крестьянской войны 1773—1775 гг. Создана в декабре 1773 г. по указу имп. Екатерины II от 29 ноября 1773 г. Казанская секретная комиссия находилась в ведении Тайной экспедиции Сената, действовала совместно с военным командованием и администрацией Казанской, Оренбурской губ. и др.
Комиссия занималась установлением личности «Петра III», расследованием и вынесением приговоров по делам участников Крестьянской войны, выявлением причин повстанческого движения. Обращалась к башкирам с письменными увещеваниями, угрожая репрессиями за неповиновение и обещая денежное вознаграждение за выдачу предводителей восстания. Протоколы допросов с вынесенными приговорами направлялись Екатерине II. Красные военные действия под Оренбургом и Уфой в концу марта 1774 г. привели к учреждению дополнительного следственного органа — Оренбургской секретной комиссии. После Казанских сражений 12 и 15 июля 1774 г. и захвата в плен несколько тысяч человек комиссия перешла к упрощённой процедуре рассмотрения и решения дел; повстанцы, вина которых была незначительная, отпускались под расписку.
Комиссией было рассмотрено 9164 дела, в том числе И.Н.Зарубина, Канзафара Усаева, Караная Муратова, Кинзи Арсланова, Салавата Юлаева. По приговорам комиссии 28 человек были казнены, 714 подверглись телесному наказанию, из них 114 сосланы на каторгу, 36 — на солдатскую службу, остальные освобождены.
Руководители Казанской секретной комиссией: А.И.Бибиков (с 29 нояб. 1773), Я.Л.Брант (с 26 апр. 1774), с 11 июня 1774 общее руководство Казанской и Оренбурской секретными комиссиями возглавил П.С.Потёмкин.
