Особо охраняемые природные территории (ООПТ), участки земли, водной поверхности и возд. пространства, где располагаются природные комплексы и объекты, имеющие природоохранное, науч., культ., эстетич., рекреационное и оздоровит. значение; изымаются полностью или частично из хоз. использования органами гос. власти, к-рые устанавливают особый режим охраны. ООПТ создаются в целях сохранения уникальных и эталонных природных комплексов и объектов, редких видов растений и редких видов животных, их генофонда, изучения естеств. процессов в биосфере, мониторинга экологического и др. Отношения в области создания, организации, функционирования ООПТ регулируются соотв. законами РФ и РБ. Для защиты ООПТ от неблагоприятного антропогенного воздействия на прилегающих к ним терр. создают охранные зоны, коридоры и округа с ограниченным режимом хоз. деят-сти, направленной на ресурсосберегающее природопользование; ООПТ могут иметь федеральное, региональное или местное значение. Различают категории ООПТ: гос. природные заповедники, национальный парки, природные парки, гос. природные заказники, памятники природы, дендрологич. парки и ботанич. сады, лечебно-оздоровит. местности и курорты, зелёные (охранные) зоны населенных пунктов, водоохранные зоны рек и др. водоёмов.
В Башкортостане в систему ООПТ (общая пл. 1226 тыс. га или 8,4% терр. респ.) входят: 3 заповедника («Башкирский», «Шульган-Таш», «Южно-Уральский»), 2 национальный парка («Асылыкуль», «Башкирия»), 3 природных парка («Зилим», «Кандрыкуль», «Мурадымовское ущелье ), 29 заказников («Алтын Солок», «Уралтау», «Шингак-Куль» и др.), 176 пам. природы (водопад Атыш, пещера Олимпия, г.Ямантау и др.), Ботанический сад-институт, 6 лечебно-оздоровит. местностей и курортов (округа горно-сан. охраны санаториев «Зелёная роща», «Карагай», «Юматово» и курортов «Красноусольск», «Янган-Тау», «Якты-Куль» и др.). Под проектируемые ООПТ зарезервировано 191,1 тыс. га («Иремель», «Крыкты» и др.). В 2002 создан ист.-археол. ландшафтный музей-заповедник «Ирендык». Контроль за соблюдением режима охраны и использования осуществляет Дирекция по ООПТ Мин-ва природопользования и экологии РБ. Науч. работа по созданию системы ООПТ, изучению биол. разнообразия, геоэкол. условий природных комплексов ведётся в Биологии институте (Е.В.Кучеров, Б.М.Миркин, А.А.Мулдашев и др.), Башкирском государственном университете (А.М.Гареев, А.Р.Ишбирдин, И.К.Кудряшов, Ф.А.Максютов, А.Ф.Нигматуллин, И.М.Япаров и др.), Геологии институте (Р.Ф. Абдрахманов, Г.В.Вахрушев и др.), Безопасности жизнедеятельности РБ институте (А.М.Волков, Э.П.Позднякова, Ш.З.Сагитов и др.). Издан «Реестр особо охраняемых природных территорий Республики Башкортостан» (2007).