Институты (от лат. institutum — установление, учреждение), назв. разл. специализированных уч. заведений (ср., высш., системы повышения квалификации и т.п.), а также н.-и. учреждений. В Башкортостане первым И., реализующим программу высшего образования, стал Уфим. учительский институт (осн. в 1909), в 1919 преобразованный в И. нар. образования, в 1929 Педагогический институт им. К.А.Тимирязева. В 1919 в Уфе был открыт Физический институт, в 30-е гг. — с.-х. и мед. И. К 1941 в респ. было 7 И.: мед., пед., с.-х., И. иностр. языков в Уфе, учительские институты в гг. Бирск, Стерлитамак, Уфа. В годы Великой Отечественной войны созданы авиац. и нефт. И. В послевоен. годы в респ. со статусом И. открылись филиалы местных и центр. вузов (Стерлитамакский филиал Всесоюз. заочного политехн. ин-та, Белорецкий филиал Магнитогорского горнометаллургич. ин-та, Уфим. филиал Моск. технол. ин-та). В 2006 в Башкортостане из высших учебных заведений насчитывалось 18 И., в т.ч. 5 гос.: Баш. (Уфа) и Стерлитамакский И. (филиалы) Уральского университета физической культуры, Уфим. И. Российского торгово-экономического университета, Уфим. филиал Всероссийского заочного финансово-экономического института, Юридический институт, и 13 негос.: Баш. И. (филиал) соц. технологий Академии труда и социальных отношений; Белорецкий филиал Международного института экономики и права; Восточный институт экономики, гуманитарных наук, управления и права; Коммерции и права институт и др.
Первыми И. в системе повышения квалификации специалистов были Баш. И. повышения квалификации кадров нар. образования (см. Институт развития образования) и Баш. И. повышения квалификации хозяйственников и инженерно-техн. работников (филиалы в Н1ш Баймак, Белорецк и Ишимбаево), созданные в 1934 в Уфе. В 2006 из уч.-метод. учреждений насчитывалось 4 И., в т.ч. Институт повышения квалификации межотраслевой, Институт повышения квалификации профсоюзных кадров, Переподготовки и повышения квалификации кадров агропромышленного комплекса институт.
Первым И., проводившим н.-и. работу, был Бактериологический И. Уфим. губ. земства, осн. в 1908 на базе Пастеровской станции (см. «Иммунопрепарат»). В 20—30-е гг. в Уфе были организованы науч.-производств. и лечебно-профилактич. И.: кожно-венерологич. (см. Кожно-венерологический диспансер), трахоматозный (см. Глазных болезней институт), туберкулёзный (см. Противотуберкулёзный диспансер). В 1930 открыт Башкирский научно-исследовательский институт, на базе к-рого были созданы отраслевые НИИ: нац. культуры (см. Истории, языка и литературы институт), марксистско-ленинской педагогики и педологии (см. Педагогики и педологии институт), пром-сти (см. «БашНИПИстром»), социалистич. реконструкции с. хозяйства, здравоохранения и гигиены. В воен. годы в респ. были эвакуированы более 10 н.-и. И. АН Укр. ССР, отраслевые НИИ пром. НК СССР. Иссл., проводимые ими, заложили основы для расширения сети отраслевых науч. учреждений: Уфимский нефтяной научно-исследовательский институт (1947), БашНИИ по переработке нефти (1956), Уфим. НИИ нефтехим. произ-в (1957), БашНИИ по стр-ву (1958), филиал ВНИИ защиты растений (1964) и др. В респ. в 2006 из н.-и. учреждений и проектных организаций насчитывалось 14 И. академ. профиля: Биологии институт; Биохимии и генетики институт; Ботанический сад-институт; Геологии институт; Истории, языка и литературы институт; Математики институт; Механики институт; Нефтехимии и катализа институт; Нефтехимпереработки институт; Органической химии институт; Проблем сверхпластичности металлов институт; Проблем транспорта энергоресурсов институт; Социально-экономических исследований институт; Физики молекул и кристаллов институт, св. 20 отраслевых н.-и. И.: «БашНИИнефтемаш», Безопасности жизнедеятельности РБ институт, Геофизических исследований геологоразведочных скважин институт, Статистических информационных систем институт, Строительного комплекса РБ институт, Технологии и организации производства институт и др., ок. 30 проектных И.: «Башагропромтехпроект», «Башгипроводхоз», «Башгипронефтехим», «Башкирский Промстройпроект», «Башнефтегазпроект», «Уфаархпроект», «Уфагорпроект» и др.